В настоящее время НИИ гриппа является одним из ведущих научных центров по решению актуальных вопросов вирусологии, эпидемиологии, клиники и патогенеза вирусных инфекций, по разработке высокочувствительных диагностических препаратов и эффективных средств защиты населения от гриппа и других опасных вирусных инфекций.
На базе Института успешно функционируют Федеральный центр по гриппу и ОРЗ и Национальный центр по гриппу ВОЗ, являющиеся неотъемлемой частью системы глобального надзора за этими инфекциями.